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蛋白組+轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析

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蛋白組+轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析

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項(xiàng)目介紹

生物體的基因表達(dá)是通過(guò)基因的轉(zhuǎn)錄、翻譯來(lái)實(shí)現(xiàn)功能性基因產(chǎn)物的合成，基因表達(dá)產(chǎn)物通常是蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄本可以反映轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)理，轉(zhuǎn)錄調(diào)控涉及到廣泛的生物學(xué)功能。蛋白質(zhì)是生物體功能的執(zhí)行者，對(duì)其表達(dá)水平的研究至關(guān)重要。因而，關(guān)聯(lián)轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)，可以系統(tǒng)、動(dòng)態(tài)的描述遺傳物質(zhì)在生物體內(nèi)的表達(dá)過(guò)程，對(duì)探索生命體生物學(xué)機(jī)制、疾病機(jī)理、醫(yī)療診斷、藥物研發(fā)等提供有力幫助。關(guān)聯(lián)分析的前提：1、要求提供的轉(zhuǎn)錄組樣本名稱與蛋白組樣本名稱保持一致，確保轉(zhuǎn)錄組與蛋白組數(shù)據(jù)來(lái)源于相同樣本。2、轉(zhuǎn)錄組為有參分析，需提供參考基因組數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站鏈接。若為無(wú)參分析，蛋白組數(shù)據(jù)需要采用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)翻譯的蛋白序列作為數(shù)據(jù)庫(kù)。

方法分析

蛋白組與轉(zhuǎn)錄組表達(dá)差異關(guān)聯(lián)分析

分別對(duì)蛋白組和轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行差異分析，篩選出顯著差異表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本和蛋白，分析顯著差異表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本與蛋白之間的交疊情況。然后根據(jù)基因在不同水平（轉(zhuǎn)錄水平、蛋白水平）差異表達(dá)情況進(jìn)行分類，并對(duì)不同分類下的基因集進(jìn)行 GO 和 KEGG 通路的富集與聚類分析。

蛋白組與轉(zhuǎn)錄組表達(dá)一致性關(guān)聯(lián)分析

首先，通過(guò)皮爾森相關(guān)性分析和 PCA 分析，比較重復(fù)樣本在轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平表達(dá)量的重復(fù)性，同時(shí)用散點(diǎn)圖展示樣本在轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平表達(dá)的相關(guān)性。其次，通過(guò)每個(gè)基因轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平表達(dá)的皮爾森相關(guān)系數(shù)累積分布圖來(lái)體現(xiàn)多個(gè)實(shí)驗(yàn)條件下處理的樣本在蛋白組與轉(zhuǎn)錄組之間的定量相關(guān)性，然后基于基因的皮爾森相關(guān)系數(shù)數(shù)據(jù)，對(duì)基因做 KEGG通路GSEA 富集分析，揭示不同調(diào)節(jié)關(guān)系下蛋白或轉(zhuǎn)錄本潛在參與的通路過(guò)程。最后，為探究多個(gè)處理?xiàng)l件下基因在轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平之間的潛在關(guān)系，將蛋白與轉(zhuǎn)錄組的表達(dá)量通過(guò)層次聚類分成 6 大類，每種分類中蛋白與轉(zhuǎn)錄本在表達(dá)量上存在特定的關(guān)系，并對(duì)每類蛋白進(jìn)行GO和KEGG富集分析。

樣品要求

詳情請(qǐng)聯(lián)系技術(shù)經(jīng)理。

項(xiàng)目案例

基因在轉(zhuǎn)錄水平與蛋白水平表達(dá)量的皮爾森相關(guān)系數(shù)分布圖

基于皮爾森相關(guān)系數(shù)的KEGG通路GSEA分析結(jié)果圖

轉(zhuǎn)錄組與蛋白組表達(dá)量聚類熱圖

Cluster分類中基因的KEGG通路富集分析氣泡圖

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