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              修飾位點保守性分析

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              項目介紹

                   不同類型的蛋白翻譯后修飾在生物過程中有著不同的調控作用,不同功能特性的蛋白在生物進化過程中有著不同程度的序列保守性,例如直系同源基因相關的蛋白在進化上處于高度保守狀態。發生在蛋白序列進化高度保守區域上的翻譯后修飾有可能預示著在生物過程中起關鍵的調控作用。

              分析方法

                    使用 BLAST 方法對給定物種的蛋白序列進行同源比對分析,通過適當的過濾條件篩選出直系同源蛋白,然后采用 MUSCLE 軟件對找到的同源蛋白進行多序列比對。根據多序列比對結果,統計在本研究中發生修飾的氨基酸在其同源蛋白中保守的比例(如果修飾位點氨基酸在其同源蛋白中為其他氨基酸或缺失,定義為“不保守位點”;反之為“保守位點”)。比較特定氨基酸上發生修飾的保守比例與未發生修飾的保守比例,采用 Fisher 精確檢驗計算保守性 p value。

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