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              PSEA分析

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              PSEA分析

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              項(xiàng)目介紹

                   PSEA(Protein Set Enrichment Analysis)與傳統(tǒng)的富集分析不同,傳統(tǒng)的富集分析更加依賴差異蛋白,這涉及到差異閾值的設(shè)定,存在一定主觀性并且只能用于顯著差異的蛋白富集。而PSEA則不局限于差異蛋白,從蛋白集的富集角度出發(fā),理論上更容易囊括細(xì)微但協(xié)調(diào)性的變化對生物通路的影響,故能兼顧差異較小的蛋白尤其是差異倍數(shù)不太大的蛋白集。可選的富集功能為 Gene Ontology功能,KEGG通路。

              分析方法

                    使用GSEA軟件對所有蛋白在比較組中表達(dá)量的變化 Ratio 值進(jìn)行排序,排序之后的蛋白列表頂部可以看作是上調(diào)蛋白,底部是下調(diào)蛋白。PSEA分析的是一個(gè)功能集下的所有蛋白在這個(gè)排序列表的頂部或者底部富集,如果在頂部富集,該功能集是上調(diào)趨勢;反之,如果在底部富集,則是下調(diào)趨勢。

              樣品要求

              詳情請聯(lián)系技術(shù)經(jīng)理。

              項(xiàng)目案例

              PSEA分析結(jié)果表格

              PSEA顯著富集通路條形圖

              PSEA富集結(jié)果圖

              學(xué)術(shù)文章

              PSEA分析

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