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                RIP-seq

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                RIP-seq

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                如有各類設備采購需求,請聯系專屬顧問。
                項目介紹

                RIP-seq(RNA Immunoprecipitation)是研究細胞內蛋白與RNA相互作用的技術,是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具,能更有效地發現miRNA的調節靶點。

                技術原理

                RIP-seq是運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來,然后經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA進行測序分析。 RIP可以看成是普遍使用的染色質免疫沉淀RIP技術的類似應用,但由于研究對象是RNA-蛋白復合物而不是DNA-蛋白復合物,因此RIP實驗的優化條件與RIP實驗并不相同。RIP實驗下游結合二代測序技術稱為RIP-seq,通過高通量測序和分析,深度解析與目標蛋白相互結合的RNA的區域或種類和相互作用強弱。

                應用

                RIP-seq技術可用于研究蛋白質與RNA的直接作用、蛋白在轉錄層面相互作用、研究與蛋白結合的RNA序列。

                實驗流程

                分析流程

                     1.基礎分析流程

                    2.可選分析流程


                樣品要求

                送樣要求

                1.提供無支原體或其他污染,活力達90%以上的細胞,細胞數量≥2.5X107

                     2.運輸前細胞需交聯固定(固定方法可聯系技術經理獲取)。

                     3.保存于-80℃冰箱,干冰運輸。

                項目案例

                GO分析SRSF6下游的靶點基因所涉及的細胞通路及功能

                RIP-Seq與RNA-Seq聯合分析獲得SRSF6的RNA序列結合熱點

                PRC2的RIP-Seq所獲得的RNA表達值以及屬性分析結果

                RIP-Seq的原理圖以及5mC富集的RNA在編碼序列上的分布和含5mC的RNA的表達水平分析

                RIP-seq

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