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                當(dāng)前位置:生物測試 ?  測序平臺 ? 

                宏轉(zhuǎn)錄組

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                宏轉(zhuǎn)錄組

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                項(xiàng)目介紹

                宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)(Metatranscriptomics)的研究對象是微生物組mRNA,在獲取微生物組總RNA并去除rRNA之后,反轉(zhuǎn)錄為cDNA,并構(gòu)建合適長度的插入片段文庫,對這些文庫進(jìn)行雙端(Paired-end,PE)高通量測序,從而能精確定量整個(gè)菌群中具有活性的物種精細(xì)組成及其對應(yīng)功能的表達(dá)水平,進(jìn)而鎖定菌群中的關(guān)鍵生物標(biāo)記物、闡明其生物學(xué)意義。

                實(shí)驗(yàn)流程:

                分析流程:

                樣品要求

                1. cDNA:濃度≥20 ng/μL,總量≥1 μg,必須是雙鏈cDNA;

                2. RNA:濃度≥100 ng/μL,總量≥4 μg,并確保RNA無降解;

                3. 土壤、污泥等原樣,至少提供1.5g;

                4. 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融,送樣時(shí)干冰運(yùn)輸。

                項(xiàng)目案例

                CAZy酶的注釋結(jié)果統(tǒng)計(jì)圖

                Unigene差異表達(dá)MA圖

                種水平的豐度等級曲線圖

                常見問題
                1、宏轉(zhuǎn)錄組測序有哪些特點(diǎn)?


                1、直接對群落樣本中的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行測序,真實(shí)再現(xiàn)群落的活性功能;

                2、業(yè)界公認(rèn)的總RNA 提取方法和rRNA 去除技術(shù),穩(wěn)定;

                3、使用Illumina NovaSeq高通量測序平臺,速度更快周期更短;

                4、功能+物種,雙管齊下;拼接+不拼接,各取所長,實(shí)現(xiàn)對物種和功能的“高分辨率”精確定量;

                5、根據(jù)樣本、數(shù)據(jù)特征,自動(dòng)選擇分析流程,多種功能注釋數(shù)據(jù)庫可選,優(yōu)化宏基因組功能代謝譜注釋;

                6、通過多種多變量統(tǒng)計(jì)分析和機(jī)器學(xué)習(xí)方法,系統(tǒng)、深入地挖掘宏轉(zhuǎn)錄組大數(shù)據(jù)中差異相關(guān)的關(guān)鍵物種和關(guān)鍵功能,識別關(guān)鍵生物標(biāo)記物。

                宏轉(zhuǎn)錄組

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