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              LAMMPS實(shí)操系列（二）: 大量FCC-CoCrCuFeNi高熵合金建模與最穩(wěn)定結(jié)構(gòu)篩選
              
                    
              
                        來源：
                        時(shí)間：2022-11-02 16:40:23
                        瀏覽：4116次
                    
              
                    
              

                    

                
              
                
              上一期我們介紹了對(duì)于格點(diǎn)原子無序的FCC-CoCrCuFeNi高熵合金理論模擬中的建模思想，以及LAMMPS的程序?qū)崿F(xiàn)。本期文章，我們會(huì)詳細(xì)解讀上一期貼出的腳本，以便讓讀者更深的了解LAMMPS程序的運(yùn)行過程。下面就是程序?qū)崿F(xiàn)過程的詳細(xì)解讀與分析：
              units      metal      #定義單位系統(tǒng)為metal
              boundary      p p p        #定義三個(gè)方向都為周期性邊界條件
              atom_style    atomic       #定義原子類型為atomic
              timestep      0.001        #設(shè)定時(shí)間步長(zhǎng)為1 fs
              #構(gòu)建模型
              lattice       fcc 3.56       #定義fcc晶格常數(shù)
              region        box block 0 10 0 10 0 10   #定義模擬盒子大小
              create_box    5 box        #定義模擬盒子中最多可以包含5種原子
              label       loop       #定義腳本循環(huán)起始標(biāo)簽為loop
              variable      a loop 1000      #定義跟蹤循環(huán)次數(shù)變量a為1至1000     
              log        log.$a       #定義記錄標(biāo)準(zhǔn)輸出文件的文件名以次數(shù)結(jié)尾
              create_atoms   1 box   #現(xiàn)在模擬盒子中將格點(diǎn)原子用第1種原子Fe代替
              set    type 1 type/ratio 2 0.2 7603  #將1/5的Fe原子換成第2種原子Ni
              set    type 1 type/ratio 3 0.5 7603  #將1/2的Fe原子換成第3種原子Cr
              set    type 1 type/ratio 4 0.5 7603  #將1/2的Fe原子換成第4種原子Co
              set    type 3 type/ratio 5 0.5 7603  #將1/2的Cr原子換成第5種原子Cu
              #注意set進(jìn)行的是依次操作，這樣下來Ni、Cr、Co、Cu各占1/5
              #設(shè)置原子質(zhì)量
              mass    1 55.8 #Fe
              mass    2 58.7 #Ni
              mass    3 52 #Cr
              mass    4 59 #Co
              mass    5 63 #Cu
              #設(shè)置勢(shì)函數(shù)
              pair_style eam/alloy     #選用eam合金勢(shì)
              pair_coeff * * FeNiCrCoCu-with-ZBL.eam.alloy Fe Ni Cr Co Cu
              #選擇文獻(xiàn)提供的Fe Ni Cr Co Cu勢(shì)函數(shù)[1]
              min_style     cg     #選用共軛梯度法對(duì)模擬盒子進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化
              minimize      1.0e-6 1.0e-7 10000 10000
              #能量和力的容差為分別為1.0e-6 和1.0e-7，最大迭代次數(shù)為10000步
              run 0   #啟動(dòng)計(jì)算
              min_style      sd  ##選用快速下降法對(duì)模擬盒子進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化
              minimize       1.0e-6 1.0e-7 10000 10000
              run 0
              min_style      cg
              minimize       1.0e-6 1.0e-7 10000 10000
              run 0
              write_data FeNiCrCoCu_$a.data      #寫出第a次循環(huán)中結(jié)構(gòu)優(yōu)化的模型
              group ALL type 1 2 3 4 5         #將模擬盒子中的原型設(shè)為group ALL
              delete_atoms group ALL        #刪除模擬盒子中的所有原子
              shell ./mseed.sh         #跟換下一輪建模計(jì)算的隨機(jī)隨機(jī)數(shù)
              next      a        #跳到下輪計(jì)算的跟中變量符a
              jump FeNiCrCoCu.in loop         
              #跳到FeNiCrCoCu.in loop文件中的label loop開始下一輪計(jì)算
              在以上LAMMPS腳本中，需要特別注意的是，命令“set    type 1 type/ratio 2 0.2 7603”執(zhí)行的結(jié)果與隨機(jī)數(shù)7603有關(guān)，相同的隨機(jī)數(shù)通過該命令生成的結(jié)果是一樣的因此我們?cè)谏上乱粋€(gè)模型時(shí)需要提前對(duì)隨機(jī)數(shù)進(jìn)行更改。我們的更改方式是通過外部shell腳本mseed.sh進(jìn)行更改的。調(diào)用命令為shell ./mseed.sh。mseed.sh中的內(nèi)容如下：
              #!/bin/bash
              a=$RANDOM
              sed -i "13c set    type 1 type/ratio 2 0.2 $a" FeNiCrCoCu.in
              sed -i "14c set    type 1 type/ratio 3 0.5 $a" FeNiCrCoCu.in
              sed -i "15c set    type 1 type/ratio 4 0.5 $a" FeNiCrCoCu.in
              sed -i "16c set    type 3 type/ratio 5 0.5 $a" FeNiCrCoCu.in
              該腳本中，變量RANDOM是Linux shell中的一個(gè)特殊變量，每一次對(duì)其進(jìn)行取值都會(huì)任意取到0-32767之間的任意整數(shù)，且在同一個(gè)shell進(jìn)程取值不會(huì)重復(fù)，取完為止。后面四行通過sed命令將拿到的隨機(jī)用來修改FeNiCrCoCu.in文件，這樣就可以保證在循環(huán)運(yùn)行FeNiCrCoCu.in腳本時(shí)，生成的結(jié)構(gòu)都是不同的。
              最后提交任務(wù)時(shí)只需要在任務(wù)文件夾中放入FeNiCrCoCu.in、mseed.sh、FeNiCrCoCu-with-ZBL.eam.alloy用PBS腳本進(jìn)行提交就可以了。其中FeNiCrCoCu-with-ZBL.eam.alloy為eam勢(shì)函數(shù)文件，該勢(shì)函數(shù)來自于O.R. Deluigi等人的文章[1]，勢(shì)文件可以直接從網(wǎng)上下載[2]。

              下一期文章我們將繼續(xù)介紹腳本運(yùn)行完成之后的后處理，篩選出最穩(wěn)定-結(jié)構(gòu)的FCC-CoCrCuFeNi高熵合金。
                              
                
                
                
              
                    
              
                        
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                                四川
                            
              
                            
              
                                文字是人類用符號(hào)記錄表達(dá)信息以傳之久遠(yuǎn)的方式和工具。現(xiàn)代文字大多是記錄語言的工具。人類往往先有口頭的語言后產(chǎn)生書面文字，很多小語種，有語言但沒有文字。文字的不同體現(xiàn)了國(guó)家和民族的書面表達(dá)的方式和思維不同。文字使人類進(jìn)入有歷史記錄的文明社會(huì)。
                            
              
                            
              
                                
              
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              【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）
              

                        
              

                
              
            
              
        
              
    
              
    
              
        
              
            
              
        
              
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