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              【技能】Win10系統Bash中快速安裝和使用LAMMPS的方法
              
                    
              
                        來源：本站
                        時間：2019-10-25 16:19:09
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              前言
              對于LAMMPS初學者來說，第一件事就是在自己電腦上安裝一個可以運行的LAMMPS程序。但是大多數初學者都是自己課題組模擬計算的先鋒隊，沒有安裝和使用LAMMPS的經驗，并且習慣了Windows操作系統，更不愿意將自己的電腦系統轉變為Linux系統。因此，部分初學者會在自己的電腦上安裝虛擬機，在虛擬機中安裝和使用LAMMPS；另外一些初學者可能會嘗試在自己的電腦上安裝上雙系統。這兩種方式筆者都嘗試過，用起來存在很多不方便得地方，特別是雙系統，經常需要在Windows系統和Linux系統來回切換，筆者已無力吐槽這種方式。
              Build 2016大會上，微軟公司公布了重磅消息，Win10系統下可以直接使用基于Ubuntu的Bash Shell，不再需要安裝笨重的虛擬機，并且Bash用起來更加順暢，與Windows系統共享存儲的文件，與受眾的親和力有了很大的提高。
              本文對Win10系統下如何安裝和使用LAMMPS進行了簡單總結，供初學者參考。整個安裝過程包括兩部分：（1）在Win10系統下啟動Ubuntu系統；（2）Ubuntu系統下LAMMPS的安裝和測試。

              安裝過程
              ? 在Win10系統下啟動Ubuntu系統
              Win10系統安裝過程中本身不包含Ubuntu系統，需要手動添加，添加的方法非常簡單。
              （1）具體安裝過程為：打開設置——更新和安全——開發者選項——選擇 “開發人員模式”。
              （2）然后進入控制版面——程序——啟動或關閉Windows功能——勾選“適用于Linux的Windows子系統”——點擊確定。安裝過程中需要重啟計算機，并且需要下載Linux安裝程序。
              （3）安裝之后可以直接在搜索中輸入“bash”就可以找到安裝的bash shell，也可以直接在cmd中輸入“bash”轉換到bash shell。
              ? Ubuntu系統下LAMMPS的安裝和測試
              第一種方法非常簡單，根據LAMMPS官方手冊，可以直接采用編譯好的可執行文件進行安裝。復制以下命令，依次執行，即可獲得執行文件lmp_daily：
              1）sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps
              2）sudo apt-get update
              3）sudo apt-get install lammps-daily
              4）cd /lammps/examples/HEAT（打開LAMMPS中有關傳熱的例子）
              運行程序測試：mpirun -np 8 lmp_daily -in in.spce.hex
              或者：mpirun -np 8 lmp_daily < in.spce.hex
              第二種安裝方法稍微復雜一點，但是對初學者來說也并不難
              1）sudo apt install -y build-essential ccache gfortran openmpi-bin libopenmpi-dev libfftw3-dev libjpeg-dev libpng12-dev python-dev python-virtualenv libblas-dev liblapack-dev libhdf5-serial-dev hdf5-tools（更新和安裝LAMMPS所需要的安裝包，這部分可以根據需要選擇性安裝）
              2）wget http://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz（從官網下載LAMMPS安裝包）
              3）tar xvzf lammps-stable.tar.gz（解壓安裝包）
              4）cd lammps（注意：這里解壓后的文件夾名為lammps，而實際解壓的文件名可能不同，需要根據實際解壓的文件名進行調整，可以在命令行輸入“ls”進行查看）
              5）cd src/
              6）make -j 4 mpi（編譯可執行的文件，成功后會在src文件夾下面得到執行文件名字為 “lmp_mpi”。但是在每次計算中，都需要將可執行文件的絕對路徑添加上才能計算，比較麻煩。可以通過設定臨時路徑或者修改 “.bashrc”文件解決這個問題，兩者擇一即可）
              保存臨時路徑（第一種方法）
              7）cd（跳轉到根目錄）
              8）mkdir lmp（建立臨時文件夾lmp）
              9）cp lammps/src/lmp_mpi ./lmp/（將可執行文件復制cp到lmp中）
              10）pwd（顯示當前路徑）
              11）LAMMPS_DIR=$PWD（保存臨時路徑，并進行測試）
              12）cd /lammps/examples/HEAT（打開LAMMPS中有關傳熱的例子）測試：mpirun -np 8 $LAMMPS_DIR/lmp_mpi -in in.spce.hex
              或者：mpirun -np 8 $LAMMPS_DIR/lmp_mpi -in in.spce.hex
              或者修改 .bashrc文件（第二種方法）
              13）執行完上述步驟后繼續下面的步驟
              14）vi .bashrc（輸入i，進入編輯模式，并且在“.bashrc”文件結尾添加“ export PATH=~/lmp:$PATH”；然后點擊ESC鍵，分別輸入冒號和wq，點擊Enter，完成對文件的修改）
              15）source  .bashrc
              16）cd /lammps/examples/HEAT（打開LAMMPS中有關傳熱的例子）運行程序測試：mpirun -np 8 lmp_mpi -in in.spce.hex
              或者：mpirun -np 8 lmp_mpi < in.spce.hex
              本文主要參考了LAMMPS手冊：https://lammps.sandia.gov/doc/Howto_bash.html
              歡迎大家踴躍投稿，豐厚稿酬等你來拿！更多精彩內容，請關注“計算GO”微信公眾號，獲取最新資訊。
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                                文字是人類用符號記錄表達信息以傳之久遠的方式和工具。現代文字大多是記錄語言的工具。人類往往先有口頭的語言后產生書面文字，很多小語種，有語言但沒有文字。文字的不同體現了國家和民族的書面表達的方式和思維不同。文字使人類進入有歷史記錄的文明社會。
                            
              
                            
              
                                
              
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