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ASE原子模擬環境計算程序安裝教程

來源：時間：2022-12-16 16:20:13 瀏覽：7803次

安裝要求

基本要求
* Python 3.6或更新版本
* NumPy (基礎 N-dimensional array 包)
* SciPy (科學計算庫)
可選并強烈推薦安裝
Matplotlib (繪圖)
tkinter (for ase.gui-ASE圖形界面所需的庫，CentOS系統自帶的python默認編譯是沒有tkinter的，需要重新編譯python)

可選安裝

Flask (用于ase.db網頁界面所需)
pytest (用于測試)
pytest-mock (用于更全面的測試）
pytest-xdist (用于并行運行測試)
spglib (用于某些與對稱相關的特征)

使用系統軟件包管理器安裝

Linux

ASE支持主要的GNU/Linux發行版(包括Debian、Ubuntu、Arch、Fedora、Red Hat和CentOS)，并有對應的一個python-ase包，可以在你的系統上安裝它。系統會自動管理依賴關系，并使ASE對所有用戶可用。

注意：不同的Linux發行版，對應的ASE包版本不一定是最新的。

Max OSX(Homebrew)

Mac OSX中包含的舊版本Python與ASE不兼容，并且不包括pip包管理器。在下一節中介紹的使用pip安裝ASE之前，Mac用戶需要安裝適當的Python版本。一種選擇是使用Homebrew包管理器，它提供了Python 3的最新版本，包括pip和tkinter圖形界面綁定:

$ brew install python

使用pip安裝1

建議使用anaconda的python，方便安裝和版本管理。安裝ASE最簡單的方法是使用pip，它會自動從PyPI獲取源代碼:

$ pip install --upgrade --user ase

如果要運行測試，可使用：

$ pip install --upgrade --user ase[test]

Python會將ASE安裝到可以自動找到ASE的本地文件夾中。ASE的命令行工具將安裝在以下位置:

操作系統	路徑
Unix and Mac OS X	~/.local/bin
Homebrew	~/Library/Python/X.Y/bin
Windows	%APPDATA%/Python/Scripts

請參考環境變量章節，正確設置環境變量。在使用ASE前，參考ASE的安裝測試環節，進行測試。 注意： 如果你的系統中，沒有安裝numpy，scipy和matplotlib模塊，請參考下面命令安裝：

$ pip install --upgrade --user numpy scipy matplotlib

如果在安裝過程中出現Cannot uninstall 'pyparsing'

pip install -I pyparsing

即可解決

從源碼安裝

作為pip方式安裝的替代方案，您還可以下載源代碼.tar文件或Git方式獲取源碼。

tar文件

你可以下載最新版ase-3.22.1.tar.gz或者開發測試版ase-3.23.0b1.tar.gz。其它版本，可參考ASE官網列表解壓：

$ tar -xf ase-3.17.0.tar.gz

Git clone

或者，你也可以使用git clone命令可以從https://gitlab.com/ase/ase獲取指定版本的源碼：

$ git clone -b 3.22.1 https://gitlab.com/ase/ase.git

或者安裝開發版

$ git clone https://gitlab.com/ase/ase.git

pip

使用pip命令從ase的git主目錄安裝

$ pip install --upgrade git+https://gitlab.com/ase/ase.git@master

--upgrade參數可以確保您總是重新安裝，即使版本號沒有更改。

添加用戶環境變量即可使用，具體請參考環境變量章節當然也可以在源碼目錄下，執行python setup.py install --user命令進行安裝，然后再添加環境變量。

環境變量

ASE需要定義兩個環境變量：

$PATH：

定義ase可執行文件路徑

$PYTHONPATH：

定義python模塊路徑

在用戶主目錄下的.bashrc文件中，添加如下

$ export PYTHONPATH=<path-to-ase-package>:$PYTHONPATH

$ export PATH=<path-to-ase-command-line-tools>:$PATH

或者在用戶主目錄下的.cshrc文件中，添加如下：

$ setenv PYTHONPATH <path-to-ase-package>:${PYTHONPATH}

$ setenv PATH <path-to-ase-command-line-tools>:${PATH}

運行測試

運行測試前，請確保環境變量已經正確設置

測試命令：

ase tes

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