預(yù)存
                
                

                                
                
                            
              
        
              
        
              
            
              
                
            
              


            
              
                
              
                    
              
                        
                    
              
                
              
            
              

        
              
    
              













    
    
    
    Document
    
    



    
              當(dāng)前位置：文庫(kù)百科 ? 文章詳情
              
    
              
        
              

            
              
                
              
                    
              pyFAI軟件的安裝和簡(jiǎn)單使用 處理2DXRD數(shù)據(jù)
              
                    
              
                        來(lái)源：
                        時(shí)間：2022-10-20 14:08:20
                        瀏覽：3644次
                    
              
                    
              

                    

                
              
                
              今天介紹一個(gè)軟件pyFAI。可以用來(lái)將2D的XRD數(shù)據(jù)校準(zhǔn)并轉(zhuǎn)換成1D的XRD數(shù)據(jù)。其中包括pyFAI的安裝以及簡(jiǎn)單使用。用這個(gè)軟件的原因是在上海光源得到的二維衍射數(shù)據(jù)是CBF格式的，而Fit2D無(wú)法處理這個(gè)格式的數(shù)據(jù)。故用此軟件進(jìn)行處理。

              01
              pyFAI軟件介紹
              PyFAI是一個(gè)python庫(kù)，可以用于區(qū)域探測(cè)器獲取的x射線/中子/電子散射數(shù)據(jù)的方位集成數(shù)據(jù)。軟件提供了校準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)裝置的工具，可以根據(jù)樣品和入射光束來(lái)定義探測(cè)器在空間中的位置。軟件還可以將批量將2D的XRD數(shù)據(jù)校準(zhǔn)并轉(zhuǎn)換成1D的XRD數(shù)據(jù)。
              詳情見(jiàn)：pyFAI官網(wǎng)

              02
              pyFAI軟件可以處理的數(shù)據(jù)類型
              主要用來(lái)處理tiff、cbf、edf、esper、img、dm3、hdf5、mar2000、mccd、f2d等一系列圖像格式數(shù)據(jù)

              03
              pyFAI軟件的安裝
              1. 去python官網(wǎng)下載最新版python
              2. 安裝時(shí)候把環(huán)境變量勾上，假如沒(méi)有就裝完自己添加，具體什么是環(huán)境變量以及如何安裝環(huán)境變量可百度
              3. 下載anaconda，安裝時(shí)候勾選環(huán)境變量。（Anaconda可以便捷獲取包且對(duì)包能夠進(jìn)行管理）
              4. 在開(kāi)始菜單搜索anaconda，找到并打開(kāi)anaconda powershell 命令。
              5. 輸入pip install pysaxs 回車,即可安裝pysaxs、pyFAI兩個(gè)軟件
              6. 輸入pyFAI-calib2 回車，即可打開(kāi)pyFAI校準(zhǔn)窗口
              7. 輸入pyFAI-integrate 回車，即可打開(kāi)pyFAI積分窗口

              04
              pyFAI簡(jiǎn)單使用
              1. 校準(zhǔn)(calibrate)

              1.1打開(kāi)軟件。
              打開(kāi)anaconda powershell 輸入pyFAI-calib2 回車

              1.2 Experiment settings:
              1. 導(dǎo)入文件image file；
              2. 選擇探測(cè)器(Dectris-Pilatus-2M)；
              3. 注意探測(cè)器的size和導(dǎo)入文件大小保持一致，假如不一致，后續(xù)會(huì)報(bào)錯(cuò)；
              4. 輸入能量或者波長(zhǎng)；
              5. 選擇校準(zhǔn)物質(zhì)LaB6；
              6. 假如圖像看不清可以設(shè)置一下顏色，推薦使用colormap（顏色格式）選擇Viridis，normalization（歸一化）選擇Arcsinh；

              1.3 mask(蒙版/掩膜)
              1. 蒙版的作用：個(gè)人理解是處理數(shù)據(jù)前調(diào)整一下圖像，遮住錯(cuò)誤的像素，光束陰影，使得后面處理圖像更加容易。官方解釋：繪制一個(gè)蒙版，即包含無(wú)效像素列表(無(wú)閃爍，模塊間隙，光束阻擋陰影，…)的圖像。這將打開(kāi)一個(gè)PyMca窗口，讓你用不同的工具(筆刷，矩形選擇，…)繪制第一張圖像(提供的)。當(dāng)您完成時(shí)，回到控制臺(tái)并按回車鍵。掩碼圖像被保存到文件中。
              2. 用多邊形工具遮住光束陰影，用圓形工具遮住光束中心。
              3. 使用閾值來(lái)屏蔽一些像素。點(diǎn)擊threshold的幾個(gè)按鈕，按需設(shè)置，設(shè)置完按mask below確定。我沒(méi)設(shè)置。
              4. 保存蒙版文件，格式可以用EDF/TIFF?？梢圆患敝４?，后續(xù)還會(huì)有操作還調(diào)整蒙版。全部調(diào)好再保存，后面積分步驟會(huì)用到。

              1.4 Peak picking
              1. 目的：把衍射環(huán)標(biāo)出來(lái)。是為了下一步的擬合光束中心用。
              2. 擬合方式：用第一個(gè)環(huán)形工具或者第二個(gè)弧線工具來(lái)標(biāo)記環(huán)。此工具會(huì)自動(dòng)把環(huán)標(biāo)出來(lái)。（我猜測(cè)應(yīng)該是利用尋找相同像素的方式來(lái)找環(huán)）

              1.5 Geometry fitting(擬合光束中心)
              1. 根據(jù)上一步的衍射環(huán)來(lái)擬合光束中心。點(diǎn)擊fit。從而得到Distance(光束到探測(cè)器距離)、PONI、rotation(探測(cè)器的偏轉(zhuǎn)角度)
              2. 假如發(fā)現(xiàn)擬合的中心肉眼可見(jiàn)不太對(duì)，則回到上一步重新調(diào)整衍射環(huán)。

              1.6 cake&integration
              1. 根據(jù)衍射環(huán)的位置積分出LaB6的一維XRD。假如發(fā)現(xiàn)有一些未知的峰，右鍵標(biāo)記，再回到Mask的步驟用幾何形狀遮住標(biāo)記的無(wú)效像素。再回來(lái)擬合。
              2. 可以調(diào)整積分算法。bounding box。如any+CSR+cython
              3. 假如發(fā)現(xiàn)衍射線點(diǎn)數(shù)太少?？梢哉{(diào)整radial points。來(lái)讓曲線更平滑（如把2014改成4000）
              4. 保存儀器參數(shù)文件。save PONI file。后面積分過(guò)程中會(huì)導(dǎo)入
              5. 保存LaB6積分曲線。

              2. 積分(integrate)
              1. 打開(kāi)軟件。打開(kāi)anaconda powershell 輸入pyFAI-intergrate 回車
              2. 調(diào)整窗口大小
              3. 導(dǎo)入儀器參數(shù)文件（PONI格式）。點(diǎn)擊import from file，導(dǎo)入校準(zhǔn)過(guò)程中保存的儀器參數(shù)文件。
              4. 導(dǎo)入mask蒙版文件。勾選mask file，點(diǎn)擊三個(gè)點(diǎn)，導(dǎo)入mask文件。
              5. 填寫(xiě)極化因子，勾選polarization factor，填寫(xiě)。（如：0.95）
              6. 填寫(xiě)積分曲線的2θ范圍。勾選radial range，輸入起止角度。
              7. 修改積分后的點(diǎn)數(shù)。點(diǎn)數(shù)=（終止角度-起始角度）*100
              8. 選擇積分算法。如：any+CSR+cython。
              9. 選擇需要積分的文件。點(diǎn)擊batch processing。選擇一個(gè)或者多個(gè)文件。積分好文件會(huì)自動(dòng)保存在積分的文件目錄下。
              10. 保存這次積分的各種參數(shù)，下次積分直接導(dǎo)入就可以不用重復(fù)填寫(xiě)參數(shù)。點(diǎn)擊save config，保存文件。

              05
              創(chuàng)建快捷方式

              根據(jù)自己安裝的位置找到pyFAI-calib.exe 及pyFAI-integrate.exe的位置，例如D:\anaconda\envs\pyfai\Scripts文件夾下可以找到。
              右鍵點(diǎn)擊pyFAI-calib.exe 及pyFAI-integrate.exe，發(fā)送到桌面快捷方式。即可在桌面直接打開(kāi)。

              來(lái)源：知乎-尋上
                              
                
                
                
              
                    
              
                        
              評(píng)論 / 文明上網(wǎng)理性發(fā)言
              
                        
              12條評(píng)論
              
                    
              
                    
                    
              
                        
              全部評(píng)論 / 我的評(píng)論
                        
              
                        
              最熱 /  最新
              
                    
              
                    
              
                    
              
                        
              
                        
              
                            
              
                                全部
                                3小時(shí)前
                                四川
                            
              
                            
              
                                文字是人類用符號(hào)記錄表達(dá)信息以傳之久遠(yuǎn)的方式和工具。現(xiàn)代文字大多是記錄語(yǔ)言的工具。人類往往先有口頭的語(yǔ)言后產(chǎn)生書(shū)面文字，很多小語(yǔ)種，有語(yǔ)言但沒(méi)有文字。文字的不同體現(xiàn)了國(guó)家和民族的書(shū)面表達(dá)的方式和思維不同。文字使人類進(jìn)入有歷史記錄的文明社會(huì)。
                            
              
                            
              
                                
              
                                    點(diǎn)贊12
                                
              
                                
              回復(fù)
              
                                
              全部
              
                            
              
                        
              
                    
              
                    
              
                        查看更多評(píng)論
                    
              
                
              
                
              
                    
              相關(guān)文章
              
                    
              
                        
              
                                
              基礎(chǔ)理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線結(jié)構(gòu)）
              
                                
              2020-05-03
              
                            
              
                                
              晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）
              
                                
              2021-01-22
              
                            
              
                                
              手把手教你用ChemDraw 畫(huà)化學(xué)結(jié)構(gòu)式：基礎(chǔ)篇
              
                                
              2021-06-19
              
                            
              
                                
              【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（上）
              
                                
              2019-10-25
              
                            
              
                                
              【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）
              
                                
              2019-10-25
              
                            
              
                                
              Zeta電位的基本理論、測(cè)試方法和應(yīng)用
              
                                
              2020-08-24
              
                            
              
                    
              
                
              
            
              


        
              
        
              
            
              
                    
              
                        
              項(xiàng)目推薦/Project
              
                        
                    
              

                    
              
                        
              
                                同步輻射XRD
                                
              同步輻射XRD
              
                            
                                  
              
                
                          
              
                
              
                    
              熱門文章/popular
              
                
              
                
              
                    
                    
              
                            
                            
              基礎(chǔ)理論丨一文了解XPS（概念、定性定量分析、分析方法、譜線結(jié)構(gòu)）
              

                        
              
                            
                            
              晶體結(jié)構(gòu)可視化軟件 VESTA使用教程（下篇）
              

                        
              
                            
                            
              手把手教你用ChemDraw 畫(huà)化學(xué)結(jié)構(gòu)式：基礎(chǔ)篇
              

                        
              
                            
                            
              【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（上）
              

                        
              
                            
                            
              電化學(xué)實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)之電化學(xué)工作站篇 （二）三電極和兩電極體系的搭建 和測(cè)試
              

                        
              
                            
                            
              【科研干貨】電化學(xué)表征：循環(huán)伏安法詳解（下）
              

                        
              

                
              
            
              
        
              
    
              
    
              
        
              
            
              
        
              
        微信掃碼分享文章
    
              







    
    
    
    
    



    


国产亚洲精品久久久久秋霞|
国产成人亚洲精品无码AV大片|
一级毛片直播亚洲|
一本色道久久综合亚洲精品蜜桃冫
|
亚洲人成77777在线观看网|
亚洲人成影院在线高清|
亚洲成a人片在线观|
久久香蕉国产线看观看亚洲片|
国产精品亚洲综合专区片高清久久久|
亚洲福利中文字幕在线网址|
亚洲AV无码专区日韩|
亚洲午夜爱爱香蕉片|
亚洲深深色噜噜狠狠爱网站|
91亚洲精品麻豆|
亚洲一区二区三区四区视频|
精品丝袜国产自在线拍亚洲|
亚洲砖码砖专无区2023|
亚洲av永久中文无码精品|
风间由美在线亚洲一区|
亚洲国产日韩在线|
亚洲av中文无码乱人伦在线咪咕|
亚洲国产精品特色大片观看完整版|
亚洲AV综合色区无码另类小说|
亚洲视频中文字幕|
亚洲天堂福利视频|
久久亚洲国产最新网站|
亚洲aⅴ无码专区在线观看春色
|
亚洲Av永久无码精品三区在线|
日韩亚洲国产二区|
久久精品国产亚洲Aⅴ香蕉
|
亚洲欧洲日韩极速播放|
亚洲第一街区偷拍街拍|
亚洲中文久久精品无码1|
亚洲中文字幕无码爆乳app|
亚洲精品视频久久|
久久综合久久综合亚洲|
亚洲伊人精品综合在合线|
亚洲中文字幕无码久久2020|
全亚洲最新黄色特级网站
|
亚洲AV永久无码精品一福利
|
亚洲欧洲自拍拍偷精品 美利坚|