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Gaussian量化模擬入門教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析

來源：本站時間：2020-11-04 10:49:12 瀏覽：10593次

注：在未特別說明的情況下，本文中涉及到的所有量化模擬實(shí)例均是在本地電腦（Windows系統(tǒng)）建模并生成輸入文件，在服務(wù)器（Linux系統(tǒng)）中進(jìn)行計算，最后在本地電腦進(jìn)行數(shù)據(jù)處理和分析。

本文的目標(biāo)是對多巴胺分子進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，并計算原子振動，從而獲得多巴胺分子的理論紅外光譜與拉曼光譜。在此基礎(chǔ)上，簡要展示如何通過Multiwfn軟件進(jìn)行波函數(shù)分析，從中獲取分子軌道、靜電勢等信息。
首先通過GaussView建立多巴胺分析模型，保存為.gjf文件并修改如下圖所示，即在b3lyp/6-311g**精度下進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化（opt）并對優(yōu)化所得的穩(wěn)定結(jié)構(gòu)計算振動模式（freq）。該計算也可拆分成兩次進(jìn)行，即先單獨(dú)進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，再對優(yōu)化所得結(jié)構(gòu)單獨(dú)進(jìn)行振動分析。但應(yīng)注意兩次計算所采用的理論方法、基組等參數(shù)必須完全一致。進(jìn)行振動分析不僅耗時，同時對于計算資源的消耗也較大。若計算資源有限，請適當(dāng)降低計算精度（例如采用b3lyp/6-31g*）或嘗試計算更小的分子。
Gaussian量化模擬入門教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖1

Gaussian量化模擬入門教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖1

需要說明的是，對于DFT計算若振動分析的關(guān)鍵詞僅寫“freq”的話只會輸出紅外振動模式。若希望同步計算拉曼振動模式的話，需寫為“freq=raman”。多巴胺分子的總電荷顯然為0。作為典型的有機(jī)分子（非自由基結(jié)構(gòu)），其電子結(jié)構(gòu)為閉殼層，自旋多重度設(shè)定為1。
在服務(wù)器中調(diào)用g09進(jìn)行計算（運(yùn)行命令：g09 < dopamine.gjf > dopamine.out）后，通過formchk工具將dopamine.chk文件轉(zhuǎn)換為dopamine.fchk（運(yùn)行命令：formchk dopamine.chk），隨后將.out文件和.fchk文件傳入回本地電腦進(jìn)行進(jìn)一步分析。
通過GaussView打開dopamine.out，在模型窗口點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵—Results-Vibrations打開振動分析窗口，如下圖所示。該窗口中會顯示多巴胺分子的所有理論振動模式的頻率、紅外及拉曼振動強(qiáng)度。選擇感興趣的振動模式，點(diǎn)擊Start Animation即可在模型窗口查看該振動的具體形式。這些信息可作為參考，輔助對實(shí)驗(yàn)所得光譜數(shù)據(jù)的峰歸屬判斷，或?qū)χ丿B的峰進(jìn)行分峰處理。點(diǎn)擊Spectrum即可生成多巴胺分子的理論紅外/拉曼光譜。
Gaussian量化模擬入門教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖2

Gaussian量化模擬入門教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖2

由于GaussView對量化計算結(jié)果的分析能力有限，我們多傾向于采用Multiwfn進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。將dopamine.fchk用鼠標(biāo)拖入Multiwfn界面，回車。
Gaussian量化模擬入門教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖3

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根據(jù)提示即可輸出想要的信息。例如想要進(jìn)行分子軌道分析，根據(jù)提示選0，回車。Multiwfn界面便會輸出一些分子軌道的重要信息并打開一個新的窗口。下圖紅框區(qū)域給出了多巴胺分子的最高占據(jù)軌道（HOMO）和最低空軌道（LUMO）的編號和對應(yīng)能量，以及這兩條分子軌道間的能量差（gap）。根據(jù)軌道編號信息，我們可以在圖形界面查看這些分子軌道的形狀。
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在圖形界面中分別將Oribitals選為41和42，即可觀看多巴胺分子HOMO和LUMO的形態(tài)。
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若希望輸出更多軌道的信息，可在圖形界面中選擇Oribital info.—show all，即可在Multiwfn中顯示該分子全部軌道的信息。下圖中可以看到多巴胺分子共有264條分子軌道以及每條軌道的的能量和電子占據(jù)情況。
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Multiwfn同樣可用于顯示振動計算結(jié)果，特別是對于拉曼光譜而言還可以通過設(shè)定溫度和激光波長，將拉曼活性轉(zhuǎn)變?yōu)槔鼜?qiáng)度，所得數(shù)據(jù)與實(shí)驗(yàn)結(jié)果可比性更好。利用Multiwfn生成光譜時，應(yīng)載入dopamine.out文件而非dopamine.fchk。依次選擇“11 Plot IR/Raman/UV-Vis/ECD/VCD/ROA/NMR spectrum”—“1:IR”—“0 Plot spectrum”即可生成紅外光譜。若想生成拉曼光譜，則應(yīng)選擇“11 Plot IR/Raman/UV-Vis/ECD/VCD/ROA/NMR spectrum” —“2:Raman (or pre-resonance Raman)”—“19 Convert Raman activities to intensities”，依次輸入激光波長（如532 nm）和溫度（如298.15 K），最后選“0 Plot spectrum”即可生成基于拉曼強(qiáng)度的拉曼光譜。
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如果想要獲得多巴胺分子的RESP電荷，首先向Multiwfn載入dopamine.chk文件。根據(jù)提示分別選擇“7 Population analysis and atomic charges”—“18 Restrained ElectroStatic Potential (RESP) atomic charge”—“1 Start standard two-stage RESP fitting calculation”，待進(jìn)度條跑至100%后即會顯示出多巴胺分子的RESP電荷，如下圖所示。
*補(bǔ)充說明：請注意，從Linux系統(tǒng)中通過formchk工具得到的文件后綴名為.fchk，此處需首先將其重命名為.fch后再載入Multiwfn，否則在進(jìn)行RESP計算的過程中會失敗，可能是Multiwfn軟件自身的BUG所致。
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輸入“y”即可將電荷信息保存至Multiwfn軟件本體所在文件夾路徑下（dopamine.chg），可用Notepad++打開查看。
Gaussian量化模擬入門教程（四）：實(shí)例操作之多巴胺分子的結(jié)構(gòu)優(yōu)化及基本性質(zhì)分析+參考圖9

根據(jù)計算所得的靜電勢，可進(jìn)一步結(jié)合VMD軟件進(jìn)行處理，還可以得到精美的分子靜電勢分布圖，詳細(xì)操作參見sob老師的文章http://sobereva.com/443。根據(jù)需要，還可以繪制出兩個分子間的范德華表面穿透圖用于分析分子間的相互作用形式。
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